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梁梦龙见气氛有些凝重，忙出列道：「瑶泉先生所言甚是！」众臣见首辅定调，纷纷跟着点头称是。
申时行微微一笑，向朱翊钧躬身奏道：「如今天下，理学难以与时俱进，其他则众说纷纭。人心不聚何以聚天下？陛下御极以来，多次对翰林院诸臣工于辞藻，不善实务提出批评。奏请陛下日后如今日般常开经筵，令诸翰林校书复古，将道本、善恶、性命、兴衰等道理探究明白，明示天下。从而使朝野之间"有处有辨、新旧相除"，以辅变法大业，复兴华夏真道统！」
所谓「新旧相除」是王安石提出的哲学命题。
王安石认为，阴阳两种对立的物质或势力相互作用，推动了新旧事物的更替。旧事物不断转化为新事物，新事物又逐渐变为旧事物，构成了永恒的运动变化。
而处是对事物的处理，即行动；辨是对事物的辨别，即认识。在人类社会的不断发展中，「有处有辨」，同样进行着「新故相除」的过程。这意味着社会制度、法律、文化等都需要随着时代的变迁而不断更新和完善。
王安石变法虽算不得成功，但其「新旧相除」思想对后世哲学影响颇大。申时行此时提出这一论点，再次证明他对朱翊钧引用后世圣哲思想的研究已经到达相当深入的程度。同时，他欲从意识形态入手，争夺变法主导权的心思也暴露无遗。
而「复兴华夏真道统」一说，更显现出他的视野层次已达高峰，给人以超凡脱俗之感。
朱翊钧闻言点头道：「先生说的是。变法前翰林乃侍诏之臣，大学士更堪比诸位总理大臣。变法后，迟迟未给翰林院在朝廷中准确定位，此朕之过也。今后，翰林院从礼部独立出来，掌院从二品，就由先生分管，可将改革思路条陈奏来，再议。」
申时行回奏道：「臣领旨。」微笑归座。
大变法后，翰林院、司礼监的职能被皇帝侍从室极大弱化，除了修国史、起居注、制典章等之外，并无其他事务。再加上「宰相必起于州郡」一说代替了「非翰林不得入阁」的规则，翰林院从一个人人向往之处，变成了一个可有可无的边缘机构，被礼部很随意的管着。
如今被申时行一番奏请，在场诸人也看不懂这翰林院将在朝廷权力机构中走向何处，在没想明白之前，也无人阻挠。只有礼部尚书沈鲤，感觉仿佛丢了什么重要东西。
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